MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pCD1

Total Repeats: 389

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005813	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_005813	TGG	2	6	1913	1918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005813	CGT	2	6	1944	1949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_005813	TGT	2	6	3110	3115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005813	AGTG	2	8	3449	3456	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_005813	TGGC	2	8	3485	3492	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
7	NC_005813	GGCGA	2	10	3581	3590	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_005813	CGT	2	6	4590	4595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_005813	GGA	2	6	4621	4626	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_005813	CCT	2	6	4640	4645	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_005813	TCT	2	6	4692	4697	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_005813	TCG	2	6	4736	4741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_005813	T	6	6	4813	4818	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005813	CTT	2	6	4876	4881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_005813	CTTTT	2	10	4890	4899	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_005813	TAAA	2	8	4907	4914	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005813	TCG	2	6	4923	4928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_005813	GCCC	2	8	4956	4963	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
19	NC_005813	CCT	2	6	5008	5013	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_005813	TTA	2	6	5041	5046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005813	ACA	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_005813	A	7	7	5070	5076	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_005813	GC	3	6	5105	5110	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
24	NC_005813	GCC	2	6	5129	5134	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_005813	GAG	2	6	5365	5370	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005813	AACCGG	2	12	5394	5405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_005813	GAC	2	6	5701	5706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_005813	GCA	2	6	5728	5733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_005813	A	6	6	5768	5773	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005813	ACT	2	6	5775	5780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_005813	TTA	2	6	5812	5817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005813	CAT	2	6	5828	5833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_005813	ACC	2	6	5843	5848	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_005813	GCT	2	6	6181	6186	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_005813	AGGG	2	8	6201	6208	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005813	GGA	2	6	6243	6248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_005813	CAT	2	6	6365	6370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_005813	TTA	2	6	6403	6408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005813	AC	3	6	6411	6416	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_005813	TGG	2	6	6431	6436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005813	CTT	2	6	6546	6551	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_005813	GTG	2	6	6573	6578	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_005813	CTC	2	6	6589	6594	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_005813	AT	3	6	6682	6687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005813	GATA	2	8	6709	6716	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005813	AT	3	6	9428	9433	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005813	AAT	2	6	9468	9473	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005813	TTA	2	6	9481	9486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005813	A	6	6	9501	9506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005813	TA	4	8	9512	9519	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_005813	CAA	2	6	9546	9551	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_005813	TGC	2	6	9682	9687	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_005813	ATAA	2	8	9790	9797	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005813	TTCT	2	8	10707	10714	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_005813	TGCC	2	8	10747	10754	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_005813	GAA	2	6	10758	10763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005813	GCT	2	6	10823	10828	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_005813	GGT	2	6	10837	10842	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005813	CTT	2	6	10874	10879	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_005813	AAAG	2	8	10892	10899	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005813	A	6	6	10904	10909	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005813	TTA	2	6	10966	10971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005813	ATT	2	6	10975	10980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005813	GTA	2	6	10993	10998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005813	TAG	2	6	11035	11040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_005813	CAC	2	6	11100	11105	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_005813	A	6	6	11166	11171	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005813	CAG	2	6	11184	11189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_005813	TCCC	2	8	11221	11228	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
70	NC_005813	GCC	2	6	11789	11794	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_005813	TCCG	2	8	11850	11857	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_005813	ATT	2	6	12085	12090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005813	T	6	6	12150	12155	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005813	A	6	6	12156	12161	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005813	TA	3	6	12179	12184	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005813	A	6	6	12201	12206	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005813	TAA	2	6	12220	12225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005813	TAT	2	6	12260	12265	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005813	ATA	2	6	12270	12275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005813	A	6	6	12292	12297	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005813	T	6	6	12300	12305	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_005813	TATAG	2	10	12311	12320	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005813	AGG	2	6	12336	12341	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005813	TAAA	2	8	13776	13783	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005813	CTG	2	6	13864	13869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_005813	AAT	2	6	13873	13878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_005813	ACA	2	6	13896	13901	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_005813	ATA	2	6	14008	14013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005813	T	6	6	14058	14063	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005813	ATAA	2	8	14085	14092	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_005813	GTC	2	6	14106	14111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_005813	GTG	2	6	14179	14184	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005813	GAA	2	6	14217	14222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_005813	GT	3	6	14241	14246	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_005813	CCT	2	6	14255	14260	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_005813	TA	3	6	15311	15316	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005813	G	6	6	15356	15361	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005813	TAA	2	6	15393	15398	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005813	CCG	2	6	15476	15481	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_005813	ATCC	2	8	15504	15511	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_005813	C	6	6	15510	15515	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
102	NC_005813	TATT	2	8	15522	15529	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_005813	ATAACC	2	12	15608	15619	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_005813	TC	3	6	15654	15659	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_005813	GAG	2	6	15669	15674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005813	AGG	2	6	15717	15722	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005813	TAT	3	9	15725	15733	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005813	ATT	2	6	15807	15812	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005813	AT	4	8	15830	15837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005813	TTAT	2	8	16231	16238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005813	ACT	2	6	16248	16253	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_005813	ATTT	2	8	16264	16271	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005813	T	7	7	16269	16275	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005813	A	6	6	16304	16309	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005813	AT	3	6	16396	16401	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005813	TA	4	8	23561	23568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005813	AAAT	2	8	23588	23595	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005813	A	7	7	23657	23663	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005813	ACC	2	6	23682	23687	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_005813	GAT	2	6	23700	23705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005813	A	8	8	23929	23936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005813	TA	3	6	24797	24802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_005813	TTA	2	6	24826	24831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005813	TGCG	2	8	24832	24839	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_005813	AACCAA	2	12	24862	24873	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_005813	TAA	2	6	24876	24881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005813	TCCC	2	8	25288	25295	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
128	NC_005813	CA	3	6	25303	25308	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_005813	AAG	2	6	25309	25314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_005813	GAT	2	6	25322	25327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_005813	GTG	2	6	25351	25356	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_005813	TAT	2	6	25362	25367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_005813	AAC	2	6	25376	25381	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_005813	CCA	2	6	25406	25411	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_005813	ATTTA	2	10	25419	25428	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005813	CTTT	2	8	25471	25478	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_005813	A	7	7	25482	25488	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_005813	CAAA	2	8	25515	25522	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_005813	TAT	2	6	25549	25554	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_005813	CAA	2	6	25562	25567	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_005813	A	8	8	25566	25573	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_005813	TA	3	6	25650	25655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_005813	CAT	2	6	25669	25674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_005813	AT	3	6	25673	25678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_005813	TTG	2	6	25699	25704	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_005813	CAA	2	6	25807	25812	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_005813	A	6	6	32741	32746	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_005813	AGC	2	6	32784	32789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_005813	GTAATT	2	12	32848	32859	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_005813	AGT	2	6	32880	32885	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_005813	TAAA	2	8	37635	37642	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_005813	AATAG	2	10	37651	37660	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
153	NC_005813	GGA	2	6	40633	40638	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
154	NC_005813	TGA	2	6	41570	41575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_005813	GTTA	2	8	41581	41588	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
156	NC_005813	TTTTA	2	10	41601	41610	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_005813	TA	3	6	41640	41645	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_005813	ATT	2	6	41699	41704	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_005813	ATA	2	6	41714	41719	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_005813	TAAAA	2	10	41740	41749	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_005813	ATT	2	6	41751	41756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_005813	GTA	2	6	41762	41767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
163	NC_005813	GTT	2	6	41795	41800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_005813	AAT	2	6	41929	41934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_005813	G	7	7	41961	41967	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
167	NC_005813	AAT	2	6	41968	41973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_005813	AAC	2	6	41982	41987	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_005813	T	6	6	42165	42170	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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173	NC_005813	GAA	2	6	42993	42998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
174	NC_005813	ACT	2	6	43026	43031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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182	NC_005813	TTTG	2	8	43240	43247	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
183	NC_005813	ATA	2	6	43262	43267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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332	NC_005813	TTTA	2	8	62702	62709	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.